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19 avril 2019

L’épidémie de choléra au Yémen : aperçu et situation actuelle

La plus grande épidémie de choléra documentée de l'histoire moderne a débuté au Yémen en septembre 2016. La maladie continue de toucher le pays, avec une nouvelle augmentation du nombre de cas au cours des dernières semaines.

Aperçu épidémiologique et contexte humanitaire

Dans le contexte de guerre, la plus grande épidémie de choléra de l’histoire récente continue en République du Yémen. L'épidémie a débuté en septembre 2016, après un arrêt de cinq ans des épidémies de choléra dans le pays [1]. En janvier 2019, 1 455 585 cas présumés de choléra, dont 2 906 décès (taux de mortalité de 0,19 %) ont été signalés dans le pays depuis le début de l'épidémie [2]. Les enfants de moins de cinq ans constituent 29 % des cas signalés [2].
 
Depuis 2016, trois vagues épidémiques ont été observées. La première et plus petite vague s'est produite de septembre 2016 à avril 2017, avec un pic à la mi-décembre 2016 [3]. L'épidémie s'est ensuite considérablement amplifiée de fin avril à début juillet 2017 en parallèle avec la saison des pluies [3]. À l’apogée de la deuxième vague (fin juin 2017), 50 832 cas présumés ont été rapportés en une semaine [3]. Le nombre de cas de choléra a progressivement diminué jusqu'à la fin de 2017 [3], suivi d'une troisième augmentation du nombre de cas en septembre 2018 [2].
 
Tous les gouvernorats du Yémen ont signalé des cas de choléra, à l'exception du gouvernorat de Socotra [3], qui est un archipel situé à environ 380 km au sud de la péninsule arabique. Les cinq gouvernorats ayant le taux d’attaque cumulé le plus élevé (pour 10 000 habitants) depuis avril 2017, sont Amran (1 296,94), Al Mahwit (1 107,80), Sana’a (808,42), Dhamar (723,28) et Al Hudaydah (655,01) [2].
 
Depuis le début de la guerre en mars 2015 [4], les bombardements ont détruit les infrastructures d'approvisionnement en eau et d'assainissement dans certaines parties du pays [5], entravant ainsi la prévention et le contrôle du choléra. Le principal port maritime du Yémen, Al-Hudeydah, a également été bombardé puis bloqué, ce qui a perturbé l'approvisionnement des aides dans le pays [6]. Le Bureau de la Coordination des Affaires Humanitaires des Nations unies a estimé que plus de la moitié de la population du Yémen (17,8 millions de personnes) avait besoin d'assistance pour avoir accès à de l'eau potable et à des systèmes d'assainissement [7]. En outre, environ 19,7 millions de personnes ont besoin d'une assistance sanitaire au Yémen, ce qui représente une augmentation de 3,1 millions de personnes au cours de la dernière année [7]. L'augmentation des coûts de la nourriture, de l'eau, du carburant, des médicaments et d'autres produits de base a également entravé les efforts de contrôle du choléra [8,9].
 

Origine des souches épidémiques

Les analyses moléculaires d'échantillons cliniques prélevés au Yémen en 2016 et 2017 ont révélé que la souche responsable de l'épidémie était celle de Vibrio cholerae O1 El Tor de sérotype Ogawa. Tous les isolats partageaient un phénotype similaire de résistance aux antibiotiques (sensibilité réduite aux fluoroquinolones et résistance à la nitrofurantoïne, au triméthoprime et à l'acide nalidixique) [3]. L'analyse de la séquence du génome a révélé que tous les isolats du Yémen faisaient partie du même groupe sur l'arbre phylogénétique de la septième pandémie, confirmant ainsi que les deux premières vagues de l'épidémie étaient produites par un seul clone de Vibrio cholerae plutôt que par deux introductions distinctes [10]. Les isolats prélevés au Yémen regroupés dans une lignée originaire d'Asie du Sud ont ensuite provoqué des foyers en Afrique de l'Est avant d'apparaître au Yémen [10]. Les isolats du Yémen sont les plus étroitement liés aux isolats recueillis lors d'épidémies au Kenya, en Tanzanie et en Ouganda de 2015 à 2016 [10]. Avant l’épidémie au Yémen, de grandes flambées de choléra et de diarrhée aqueuse aiguë se sont produites dans la Corne de l’Afrique, qui constitue une plaque tournante de la migration vers le Yémen [10], indiquant ainsi l’importation probable de la souche de Vibrio cholerae de la Corne de l’Afrique au Yémen.
 

Situation actuelle

Au cours des dernières semaines, le Yémen a connu une autre forte augmentation du nombre de cas signalés. Entre le 1er janvier et le 28 mars 2019, près de 148 000 cas présumés de choléra ont été signalés à travers le pays, dont 291 décès [11]. Près de 150 % d'augmentation des cas ont été signalés en mars [12,13]. Les enfants ont représenté plus d’un tiers des nouveaux cas [13]. Les organismes d'aide continuent à faire face à la situation d'urgence, notamment l'UNICEF, l'OMS, International Rescue Committee, le Comité international de la Croix-Rouge et Médecins Sans Frontières [14] ; cependant, ils sont confrontés à de nombreux défis, notamment l'intensification des combats, les restrictions d'accès et les obstacles bureaucratiques à l'importation de fournitures et de personnel vitaux au Yémen [15].

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Références
1- World Health Organization (n.d.) ‘Cholera, number of reported cases (data by country) [Internet]’.
2- WHO (2019) ‘Cholera situation in Yemen: January 2019’. , (January). [online] Available from: https://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/EMROPub_2019_E... (Accessed 3 April 2019)
3- Camacho, Anton, Bouhenia, Malika, Alyusfi, Reema, Alkohlani, Abdulhakeem, et al. (2018) ‘Cholera epidemic in Yemen, 2016-18: an analysis of surveillance data’. The Lancet. Global health, 6(6), pp. e680–e690. [online] Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29731398
4- Human Rights Watch (2016) ‘Bombing Businesses: Saudi Coalition Airstrikes on Yemen’s Civilian Economic Structures July’. [online] Available from: https://www.hrw.org/report/2016/07/11/bombing-businesses/saudi-coalition... (Accessed 3 April 2019)
5- WHO, JMP and UNICEF (2017) JMP Progress on Drinking Water, Sanitation and Hygiene: 2017 Update and SDG Baselines.,
6- Thomson Reuters Foundation (2015) ‘Saudi-led warplanes hit Yemeni port, aid group sounds alarm’. , pp. 1–3. [online] Available from: https://www.reuters.com/article/us-yemen-security/saudi-led-warplanes-hi... (Accessed 3 April 2019)
7- OCHA (2019) ‘Yemen: Crisis Overview’. [online] Available from: https://www.unocha.org/yemen/crisis-overview (Accessed 3 April 2019)
8- The World Bank (2016) ‘Pump price for diesel fuel (US$ per liter)’. [online] Available from: https://data.worldbank.org/indicator/EP.PMP.DESL.CD (Accessed 3 April 2019)
9- OXFAM International (2015) ‘Two-thirds of people in conflict-hit Yemen without clean water’. [online] Available from: https://www.oxfam.org/en/pressroom/pressreleases/2015-05-26/two-thirds-p... (Accessed 3 April 2019)
10- Weill, François-xavier, Domman, Daryl, Njamkepo, Elisabeth, Almesbahi, Abdullrahman A, et al. (2018) ‘Genomic insights into the 2016-2017 cholera epidemic in Yemen’.
11- USAID (2019) Yemen - Complex Emergency (Factsheet #6), [online] Available from: https://reliefweb.int/sites/reliefweb.int/files/resources/04.05.19-%20USG%20Yemen%20Complex%20Emergency%20Fact%20Sheet.pdf
12- International Crisis Group (2019) ‘Crisis Group Yemen Update #8’. , April 05, pp. 1–5. [online] Available from: https://reliefweb.int/report/yemen/crisis-group-yemen-update-8 (Accessed 6 April 2019)
13- Save the Children (2019) ‘1,000 children infected every day as Yemen cholera outbreak spikes’. [online] Available from: https://www.savethechildren.net/article/1000-children-infected-every-day... (Accessed 4 April 2019)
14- Federspiel, Frederik and Ali, Mohammad (2018) ‘The cholera outbreak in Yemen: lessons learned and way forward’. BMC Public Health, 18(1338), pp. 1–8.
15- UNICEF (2019) ‘Two years since world’s largest outbreak of Acute Watery Diarrhea and Cholera, Yemen witnessing another sharp increase in reported cases with number of deaths continuing to increase’. [online] Available from: https://www.unicef.org/press-releases/two-years-worlds-largest-outbreak-... (Accessed 3 April 2019)